Heather è una ragazza qualunque, e dopo un pomeriggio qualunque passato in un supermercato, sta per tornare a casa da suo padre. Viene però bloccata da un investigatore privato che le deve rivelare qualcosa di importante sulla sua nascita. Credendolo un malintenzionato, la ragazza cerca di sfuggirgli, uscendo dallo stabile. Ma una volta rientrata, qualcosa è cambiato: tutto l'edificio sembra essere in qualche modo sprofondato in un orribile incubo, nel quale incontra Claudia, una donna misteriosa che le parla della nascita del paradiso sulla Terra.

L'inizio della storia ha luogo nei grandi magazzini di una cittadina non distante da Silent Hill, nel quale Heather si reca per l'acquisto di un oggetto commissionatole dal padre. Dopo l'iniziale incontro/scontro con Douglas, un investigatore privato (il quale avrebbe delle importanti rivelazioni sul passato della ragazza), Heather fugge, uscendo dall'edificio. Non appena vi rientra, però, non sembra più esserci anima viva: al posto del normale brusio presente in un centro commerciale, ora si sente solo un cupo silenzio, rotto solo dai suoi passi e dai versi in lontananza di terribili creature in agguato nell'oscurità.

Dopo aver risolto i primi iniziali enigmi, indispensabili per poter continuare la sua disperata fuga da quell'assurda situazione, Heather incontra Claudia, una donna tanto enigmatica quanto sinistra che le parla della nascita del "Paradiso sulla Terra", accennando per la ragazza una qualche sorta di ruolo in tale progetto. Heather viene intanto colta da un forte ed inspiegabile mal di testa, passato il quale la ragazza decide di scendere al piano terra tramite un'ascensore per raggiungere finalmente l'uscita. Non appena si riaprono le porte, però, il centro commerciale nel quale si trovava si è trasformato nel peggiore incubo che mente umana potesse concepire.

Sfuggita all'ultima minaccia, vede ricomparire intorno a sé nuovamente il centro commerciale e Douglas, che non dandosi per vinto continua ad inseguirla. Heather però non si fida di lui e scappa a casa. Dopo un altro cambio di realtà in cui si ritrova nuovamente in un mondo infernale riesce a raggiungere il suo appartamento. Qui trova suo padre, Harry Mason (il protagonista del primo capitolo della serie, Silent Hill), ucciso da un mostro, seguace della setta di Samael, di cui Claudia fa parte. La ragazza decide allora di vendicarsi e, aiutata da Douglas, raggiunge Silent Hill.

Silent Hill appare come una città deserta e popolata da mostri terrorizzanti, conigli di peluche dalla bocca grondante sangue e sedie a rotelle. Poco alla volta, anche dopo aver parlato nuovamente con Claudia e Vincent, il prete del culto satanico, Heather scopre di essere la reincarnazione di Alessa Gillespie. Seppure la ragazza accetti il proprio passato non è disposta a seguire i vaneggiamenti di Claudia. La donna le rivela che dentro di lei sta crescendo Dio, e una volta nato distruggerà la terra per depurarla dal male e ricostruirla.

Heather non è disposta però a sacrificare l'umanità per il sogno utopistico di una setta che sembra adorare Satana in persona, quindi vomita il feto davanti a Claudia dopo aver ingerito l'unica sostanza in grado di fermare l'avanzata del demone (la stessa usata nel primo episodio). A questo punto Claudia, fuori di sé, raccoglie il feto e con uno sforzo disumano lo ingoia per poi trasformarsi in un mostro orrendo che infine Heather uccide, per la salvezza dell'umanità. Dopo aver sconfitto l'ultimo mostro, si ritrovano Heather e Douglas, che dopo un primo scherzo di questa, si manifestano la contentezza della fine, e la ragazza chiede di farsi chiamare col proprio vero nome assegnatole dal padre, cioè Cheryl.